Emmanuel Lubezki estudió en el Centro Universitario de Estudios Cinematográficos de la UNAM (CUEC) y Rodrigo Prieto, en el Centro de Capacitación Cinematográfica (CCC).Ambos incursionaron dentro de la cinematografía a finales de los años 80.

Lubezki ha participado en cintas como Camino largo a Tijuana, de Luis Estrada, con quien trabajaría nuevamente en las películas Bandidos y Ámbar. También realizó la fotografía de la ópera prima de Alfonso Cuarón, Sólo con tu pareja, cuya segunda unidad estuvo a cargo de Rodrigo Prieto. Antes de ir a Estados Unidos trabajó con Alejandro Pelayo en Miroslava y con Alfonso Arau en Como agua para chocolate.Regresó a México en el año 2001 para hacer la fotografía de la película Y tu mamá también, de Alfonso Cuarón, y en el 2002 para trabajar en el cortometraje De Mesmer con amor o té para dos, codirigido por su hermano Alejandro y Salvador Aguirre.